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L'Umr bénéficie d'un dispositif de recherche performant largement financé par la Génopole de Montpellier Languedoc-Roussillon et la Région Languedoc-Roussillon:
 
     
 

Robotique

  
 

Responsable : Xavier Sabau

Fax : 04 67 61 56 05
Tél : 04 67 61 55 03 ou 5792

en cas d'absence, Pietro Piffanelli Tél : 04 67 61 58 29

Cirad-amis / Biotrop
TA 40/03&;
Avenue Agropolis

34398 Montpellier cedex 5

Localisation

La plate-forme robotique est installée au CIRAD Lavalette (Montpellier)

Equipements et services rendus

La plate-forme robotique est organisée autour d'un ensemble d'outils indispensable à la génomique.

Cet ensemble comporte cinq systèmes :

1 FLEXYS de chez Genomic solution

Repiquage de colonies => 1000 colonies / heure.

 

1 BIOROBOT 3000 de chez Qiagen

Réarrangement de clones par volume

Préparation de produits PCR

1 Q-FILL2 de chez Genetix

Distribution de milieux et solutions dans des plaques 96 et 384 puits

1 BIOROBOT 9600 de chez Qiagen

Extraction d'ADN plasmidique ou BAC => 576 extractions / jour


Filtre haute densité

1 FLEXYS équipé d'un AUTOLOADER

Réplique de plaques 384 puits ou 96 puits => 112 plaques / jour.

Réalisation de membranes nylon haute densité=> 8 membranes / jour.

 

 


Modalités d'accès et de fonctionnement

Tous les laboratoires européens publics ou privés peuvent utiliser ces équipements. L'utilisation de la robotique au CIRAD a été défini par type d'opération, comme indiqué ci-dessous. Elle est possible en fonction du planning d'utilisation de la plate-forme et après discussion avec le responsable de la plate-forme.

Code

Outils

Plaques/Jour

PICK384

Picking/ 384 puits

16

PICK96

Picking/ 96 puits

63

CONSPICK1212

consommables 12X12

 

CONSPICK2222

consommables 22X22

 

 

 

 

REPL384

Replicating/ 384 puits

112

REPL96

Replicating/ 96 puits

112

 

 

 

GRID

Gridding 36 864 spots

8

 

 

 

EXTRPLAS

Extraction plasmide

6

EXTRBAC

Extraction Bac

6

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  
 

Génotypage

  
 

Responsable : Claire Billot Tel: 04 67 61 58 58, Fax : 04 67 61 56 05, Jean-Christophe Glaszmann Tel : 04 67 61 59 22, Fax : 04 67 61 56 05
Suppléant : Ange- Marie Risterucci Tél : 04 67 61 56 94

 

Localisation :

La plate-forme de génotypage est localisée au Cirad Lavalette (Montpellier)

Equipements et services rendus

La plate-forme de génotypage est composée de 3 systèmes :

2 séquenceurs automatiques Li-Cor (IR2 LI4200S2G) :
  • génotypage (microsatellites, AFLP) : 2048 échantillons/jour (soit 2048xfacteur de multiplexage points de données)
1 Biorobot 8000 (Qiagen)
  • Préparation de PCR 384 puits : 20 plaques / jour
  • Réarrangement de produits de PCR
  • Réarrangement de clones


Gel de migration d'Adn

 4 appareils de PCR pour plaques de 384 puits (Dyad MJResearch, Eppendorf

Tous les appareils de cette plate-forme sont en accès libre pour tous les laboratoires publics et privés, après une prise de contact avec le responsable (organisation matérielle, conseils pour les expériences en amont, formation, coût) et en fonction du planning d'utilisation.

 
 

Cytogénétique moléculaire

  
 

 

Responsable : Angélique D'hont

Cette plateforme met à disposition un savoir-faire en matière d'hybridation in situ fluorescente (FISH) sur chromosomes :

Les techniques maîtrisées sont

- les étalements de chromosomes
- la localisation sur les chromosomes de séquences d'ADN répétée
- la localisation de clones BAC sur les chromosomes (BAC-FISH)
- l'hybridation génomique in situ (GISH) qui permet la différentiation des chromosomes parentaux chez des structures hybrides interspécifiques
- la Fiber-FISH qui permet l'analyse d'arrangements de séquences sur fibre d'ADN peignées
- la BAC-Fiber-FISH qui permet l'analyse d'arrangements de séquences au sein d'un clone BAC donné

Ce savoir-faire concerne en particulier, mais pas exclusivement, les plantes.


Materiel spécifique

Un microscope à fluorescence motorisé Leica DMRXA2, deux microscopes avec contraste de phase, une camera CCD Sensis de chez Photométrix pour la capture des images et les logiciels QFISH, Qwin, Lida, pour la capture, le traitement et le stockage des images.

Cette plate-forme bénéficie pour les années 2002-2004 d'un soutien financier du projet Genoplante.


Les principales espèces travaillées jusque-là ont été la canne à sucre, le bananier, le café, le citrus, le cotonnier, l'igname, le tournesol, la vigne et le Tilapia (Poisson).

  
 

Serres de confinement

  
  Responsable : Christian Chaine  
 

La plate forme serres de confinement est constituée de deux serres, S16 et S17, de confinement de type S2, d’une surface utile totale de 541.39 m2 et de deux chambres climatiques d’une surface utile totale de 31.6 m2 qui sont incluses dans une halle technique.
Ces serres sont destinées aux cultures de plantes qui impliquent notamment le contrôle de la dissémination du pollen et le contrôle de la dissémination des graines . Les dispositifs de contrôle des graines sont modifiables en fonction de la taille des graines. La maille actuelle de filtration est de 1 mm de diamètre.


La serre 16 est constituée de 6 chapelles de 14.69m2 chacune et d’une chapelle de 84.55 m2 avec pour l’ensemble une surface totale de tablards de 81.28m2 .Chaque chapelle dispose d’une programmation indépendante des paramètres de l’environnement :
  • chauffage par tubes aériens permettant de maintenir un minimum de 22°c par des températures extérieures allant jusqu’à –10°c et refroidissement adiabatique permettant un abaissement de la température de 7°c par rapport à la température extérieure,
  • hygrométrie par système fog permettant une saturation complète de l’environnement ,
  • éclairage par lampes de 400 watts à iodure métallique,
  • gestion centralisée de l’irrigation et de la fertilisation.

Les chapelles de cette serre sont entièrement closes et spécifiquement équipées d’un système de surpression allant de 15 à 150 Pascals. Ces chapelles représentent l’unité d’utilisation et seront disponibles à partir de juillet 2004.

La serre 17 est constituée de 3 chapelles de 122.9m2 chacune avec pour l’ensemble une surface totale de tablards de 170.12 m2. Hormis le système de surpression elle dispose des mêmes systèmes de gestion des paramètres de l’environnement que la serre 16.


Les chapelles ne seront par contre disponibles à la communauté scientifique extérieure du Cirad qu’à compter de début 2005.

Les chambres climatiques sont constituées de 2 cellules d’une surface utile de 21.16m2 et de 10.26 m2. Pilotage extérieur de la température avec un intervalle de ? 2°c, de l’hygromètrie ?10% avec phases possibles de saturation et de l’éclairage (lampes à iodure métallique).


Localisation : Campus de Lavalette.

  

 

   

Crédits photographiques
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