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Présentation
Les équipes rassemblées dans PIA se répartissent
sur trois sites Montpelliérains
et associent neuf chercheurs basés en terrain tropical. Elles mobilisent
des agents rattachés à dix programmes du Cirad
(Arbres et plantations, Bananier et plantain, Biotechnologies et ressources
génétiques végétales, Cacao, Canne à
sucre, Cocotier, Coton, Cultures alimentaires, Hévéa, Palmier
à huile), deux départements de l'Inra
(transformation des produits végétaux - UR Biochimie et
biologie moléculaire des céréales, génétique
et amélioration des plantes) et le département Sciences
du Végétal de l'EnsaM.
En matière de recherche, les objectifs des structures partenaires
dans l'UMR sont essentiellement l'amélioration génétique
d'un certain nombre de plantes assise sur une gestion optimale de la diversité
génétique disponible. C'est dans cet esprit qu'ont été
développés les travaux de marquage moléculaire et
de biologie moléculaire depuis une quinzaine d'années. Marqueurs,
cartes génétiques, cartes comparées, banques BAC,
banques cDNA, EST, mutants d'insertion sont autant d'outils et de résultats
produits sur de nombreuses plantes, souvent de façon tout à
fait pionnière. La multiplication des modèles a permis l'identification
de problématiques communes ou de caractéristiques biologiques
partagées propices aux échanges et au regroupement d'équipes.
Ainsi, l'UMR s'est constituée autour d'un objectif principal, celui
de tirer le meilleur profit de l'émergence récente de la
génomique, en développant les applications spécifiques
aux populations exploitées par l'homme, en particulier les populations
d'intérêt agronomique.
Une première équipe
développe les actions transversales sur les Poacées et sur
le bananier, dans une démarche comparative qui s'appuie sur la
conservation de la synténie. D'autres monocotylédones à
cycle court y sont associées.
Une deuxième équipe
se consacre à l'analyse fonctionnelle du génome du riz,
plante modèle pour les céréales, les autres Poacées
et potentiellement les monocotylédones.
Une troisième équipe
se concentre sur le blé avec pour objectif la compréhension
et la maîtrise de la qualité du grain, en mobilisant des
compétences de biochimie et de biologie moléculaire.
Une quatrième et une
cinquième équipes cherchent à optimiser les méthodologies
d'analyse pour les plantes à cycle long, en particulier pour tirer
profit de populations existantes, en différenciant les plantes
ligneuses à fruits et les plantes forestières peu domestiquées
et proches de populations dérivées de populations naturelles.
Une dernière équipe
est identifiée afin de développer une démarche de
bioinformatique en phase avec les thématiques précédentes.
La liste des agents dans les différentes équipes est donnée
ci-contre. La distribution d'ensemble des activités par équipe
est illustrée dans le tableau 1.
L'entrée par plante reflète en effet la structuration interne
des organismes partenaires (programmes du Cirad, UBBMC de l'Inra) comme
de Génoplante, principale
structure de programmation en génomique végétale
en France (comités thématiques riz, blé).
De plus, pour chaque plante, une recherche efficace nécessite des
ressources génétiques, des populations en ségrégation,
des spécialistes pour l'évaluation du matériel (pathologie,
physiologie, technologie… ), des marqueurs codominants, une banque
BAC, des EST et des filtres/puces pour les études d'expression.
La réalisation de toutes ces conditions et la réunion de
toutes ces ressources passent généralement par un investissement
collectif fait de partenariats, au moins temporaires. En particulier,
les grandes filières tropicales font souvent l'objet d'interprofessions
structurées, de consortiums, sociétés, réseaux,
centres de recherche spécialisés, etc.
La participation à ces dynamiques nécessite de la part des
organismes partenaires dans l'UMR des investissements institutionnels
lisibles en matière de stratégie partenariale.
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