ANANAS

Le marché mondial de l'ananas est basé sur un petit nombre de variétés, la plus importante commercialement a longtemps été la variété Cayenne Lisse. Et même si depuis quelques temps on assiste à l'émergence de nouvelles variétés (Extra-Sweet au Costa-Rica), cette situation de quasi monoculture fragilise considérablement la production à cause de la sensibilité à de nombreux parasites. L'objectif des travaux menés en coopération est donc la prospection et l'évaluation des ressources génétiques de l'Ananas.

Dans le cadre d’un projet INCO, une étude de la variabilité génétique du genre Ananas à l’aide de marqueurs agro-morphologiques et moléculaires a été initiée. Pour la partie moléculaire, le travail s’est effectué en partie au Cirad à Montpellier et en partie au laboratoire de Biologie Moléculaire à l’Embrapa RGB (Brasilia).

Une banque de fragments d'ADN a été construite dont 25 fragments ont été extraits pour servir de sonde RFLP et utilisés pour analyser la diversité d'un échantillon de 301 accessions (Duval et al., 2001).

Karité et Santal

Le karité et le santal offrent deux modèles complémentaires. Le karité, espèce fortement utilisée par les populations de la zone soudano-sahélienne, pour la production de corps gras, présente une aire de distribution continue dans sa grande partie. La structuration génétique de cette espèce a été a priori fortement influencée par les activités humaines ; dissémination et processus de domestication par sélection dans les parcs à karité. Le santal, correspond à seize espèces dont deux intéressent plus particulièrement le Cirad ; Santalum austrocaledonicum en Nouvelle-Calédonie et S. insulare en Polynésie Française. Ces deux espèces couvrent des aires naturelles fragmentées. Les populations sont encore exploitées pour le S. austrocaledonicum pour la production d'huiles essentielles, mais sont dans un état de menace pour S. insulare.

Pour le karité et le santal l’analyse de la diversité génétique se réalise à différentes échelles spatio-temporelles ; aire naturelle, région et population. Les premières analyses de la structuration de la diversité génétique sur des marqueurs RAPD et CAPS sont en cours de finalisation. Elles montrent comment les flux de gènes se sont réalisés dans des contextes très différents. Les marqueurs microsatellites sont en cours de mise au point pour ces deux espèces. Parallèlement à une approche sur marqueurs neutres, se développe une approche sur données quantitatives (caractéristiques sylvicoles, liées à l’adaptation ou à la production de composés chimiques).

Orge

Les travaux sur orge se sont concentrés sur la tolérance au stress hydrique. L’étude d’une population de lignées recombinantes d’orge a permis au cours des dernières années d’identifier des QTL impliqués dans la variation du statut hydrique, de l’ajustement osmotique, de la quantité de chlorophylle et de paramètres agronomiques en environnement méditerranéen (Teulat et al 2002, Teulat et al 2001a et b, This et al 1999, This et Teulat-Merah 2000, Forster et al 2000). D’autres résultats obtenus au cours de ces dernières années concernant la discrimination isotopique du carbone, l’accumulation de sucres et les paramètres statistiques de stabilité de rendement sont encore en cours d’exploitation. La cartographie comparée a permis de montrer des homologies potentielles entre les génomes du riz, de l’orge et du blé pour certains de ces QTL (This et al, 2000). La carte génétique développée sur le croisement Tadmor x ER/APM comporte 166 marqueurs dont un certain nombre de gènes candidats répartis sur les 7 groupes de liaison. Elle est disponible en ligne sur le serveur " Graingene " à l’adresse :

http://www.graingenes.org/cgi-bin/ace/tree/graingenes?name=Barley%2C%20TxE&class=Map_Data

Rubus

Rubus alceifolius (Rosaceae) est une ronce d'origine sud-est asiatique. Cette plante envahissante à La Réunion, à fait l'objet d'un projet régional d'étude de lutte biologique coordonné par le Cirad (REG/97/0307). Dans ce cadre une étude de la diversité génétique des Rubus asiatiques a été réalisée par L Amsellem, accueilli conjointement en thèse par le Cirad et le CEFE. Une diversité pratiquement nulle à La Réunion a été mise en évidence en analysant 491 niveaux de bandes AFLP sur un échantillon de 254 individus dont 224 R. alceifolius. Une grande distance entre R. alceifolius et les Rubus asiatiques, par ailleurs très divers, a été observée (Amsellem et al., 2000). Une banque microsatellite a été développée et, sur la base des locus étudiés, la même observation a été faite. D'autres paramètres tels que le niveau de ploïdie, le taux de germination, la survie des plantules, l'activité métabolique et la croissance, ne montrent aucune différence entre les aires d'origine et d'introduction. Ces résultats (Amsellem et al., 2001, 2002) suggèrent que les causes du caractère envahissant de R. alceifolius dans son aire d'introduction proviennent à la fois de préadaptations biologiques depuis son aire d'origine (polyploïde, banques de graines dans le sol), d'un changement dans sa biologie de la reproduction lui permettant de se reproduire par voie clonale et de facteurs environnementaux.

Taro

Le taro (Colocasia esculenta) fait l’objet du réseau TANSAO (Taro Network for Southeast Asia and Oceania), projet régional financé par l’UE et coordonné par le Cirad.

Dans le cadre de ce projet, une première étude a permis de structurer la collection nationale de 452 taros du Vanuatu, en utilisant une clé dichotomique réalisée à partir d'un nombre réduit de caractères morpho-agronomiques considérés comme importants pour le sélectionneur. L'analyse d'un sous-échantillon de 47 accessions à l'aide marqueurs AFLP a mis en évidence l'existence d'un important polymorphisme. Une carte génétique est en cours de construction. La descendance a été génotypée avec 29 couples d’amorce générant le plus de polymorphisme. L’analyse des résultats est en cours. Ceci fait l’objet de la thèse de J. Quero.

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