Les contraintes de longueur du cycle chez certaines espèces ont parfois conduit à exploiter dans un premier temps les dispositifs expérimentaux déjà existants et souvent peu adaptés aux méthodologies d’analyse du génome, développées tout d’abord sur les plantes annuelles. Des méthodes d’analyse originales, comme l’analyse de plans factoriels et de descendances connectées, permettent ainsi d’exploiter le matériel en place. Au-delà des applications spécifiques à chacune des espèces, l’équipe aborde un nouveau thème de recherche, l’étude des déséquilibres de liaison dans des populations. L’objectif est d’identifier les associations qui ont pu se maintenir ou s’établir entre marqueurs et gènes d ’intérêt au cours de la domestication. Ceci est d’autant plus vrai qu’on travaille avec des plantes pérennes ; la durée du cycle de reproduction a limité le nombre de recombinaisons depuis les évènements fondateurs. L’intensité du DL reste à calibrer précisément chez chacune d'entre elles puisqu'elle dépendra d'éléments nombreux, autant biologiques (régime de reproduction, durée du cycle, type de distribution, etc) qu'anthropiques (mode de domestication, histoire des migrations, méthodologies d' amélioration génétique, etc). Différentes applications pratiques pourront être faites de ces études: élaboration d'une stratégie généralisée de cartographie génétique de QTL au sein de populations d' apparentements variables, recherche de sources alléliques originales au sein des collections de ressources génétiques et mise au point de stratégies de sélection assistée par marqueurs.

Les travaux sur cotonnier se distinguent par leur intégration dans une démarche effective de sélection assistée par marqueurs visant une introgression interspécifique et par le large usage de gènes candidats. Le cacaoyer représente un cas très favorable d’application du DL à des populations existantes, vue l’origine des types modernes de Criollo et Trinitario. Le palmier à huile est une espèce à domestication très récente à partir d’un nombre réduit de génotypes ; l’équipe comporte un groupe de chercheurs spécialisés sur la sélection de cette plante qui, de façon pionnière, exploreront les apports concrets et rapides de nouvelles démarches aux activités d’amélioration génétique. Le cocotier fera l’objet d’un effort dirigé vers la compréhension précise de la structure des populations.

La caractérisation des QTL identifiés (identification des gènes impliqués) constitue le défi des prochaines années. Elle s’appuie sur les outils de génomique structurale (banques BAC déjà en construction chez certaines espèces) et de génomique fonctionnelle (EST, microarrays). La production ou l’exploitation d’EST est déjà entamée chez certaines espèces (cotonnier, palmier à huile) ou envisagée pour d’autres (cacaoyer) dans le cadre de projets de collaboration nationaux (UMR BDPPC pour le palmier à huile) ou internationaux (EU pour le cotonnier, EU, GB et Brésil pour le cacaoyer). Les parentés entre les espèces seront exploitées dans la mesure du possible.

Pour toutes ces plantes au développement végétatif important, le produit final repose sur la production de fruits, malgré leur utilisation variable (production d’huile, de fibres ou de matières premières pour un produit transformé). La connaissance plus approfondie des données physiologiques liées aux phases de développement qui précèdent la phase de reproduction et qui peuvent la conditionner représente un objectif de recherche important à aborder avec l’aide complémentaire des outils de génomique.